戦慄の楽譜が8/19に日本テレビで放映されますね。
堂本音楽アカデミーで爆破事件が発生する。
このアカデミーは、才能ある音楽家を次々に輩出していた。
事件に興味を抱き早速現場に向かったコナン（高山みなみ）は、爆発で吹き飛ばされたピアノの鍵盤を拾っている老人の姿を目にする。
そんなコナン／新一（山口勝平）のもとに蘭（山崎和佳奈）から電話が。
アカデミー所有の「堂本ホール」のこけら落とし公演に招待された蘭は、新一も誘おうと連絡してきたのだ。
しかし、売り言葉に買い言葉で２人は言い争いになってしまう。
このこけら落とし公演に参加するのは、パイプオルガンを担当するアカデミー主宰の堂本一揮（田中信夫）、爆破事件で大怪我を負ったバイオリニスト・河辺奏子の代役・山根紫音（金月真美）、そして有名ソプラノ歌手・秋庭怜子（桑島法子）。
そこに爆破事件を捜査中の目暮警部（茶風林）たちが怜子の事情聴取のためにやってくる。
彼女は奏子から事件直前にメールを受け取っていたのだ。
一方、コナンや灰原（林原めぐみ）と一緒に練習を見学に来ていた元太（高木渉）たち少年探偵団一行は、怜子に合唱の歌唱指導を申し込む。
同じ小学校出身のよしみで、彼らを指導することになる怜子。
しかし、それが事件の始まりであった。
指導を始めた数日後、歌唱指導中に怜子のお茶を飲んだ元太が突然苦しみ始める。
そして病院からの帰り道、今度は暴走するトラックが怜子に突進する。
コナンは、何者かがコンサートを阻止しようとしているのか…？と考えるようになる。
その後も、堂本音楽アカデミーの卒業生が犠牲になる事件は続いていた。
しかも、すべての事件現場からフルートが発見されるが、容疑者を特定する証拠は他に見当たらない。
ヒントを求めて怜子の自宅へ向かったコナンは、彼女の寝室にフルートと、ある男性の写真が飾られているのを目撃する。
その男性は怜子の婚約者で、爆破事件の被害者たちの嫌がらせがもとで彼は命を落としたのだという。
まさか怜子が爆破事件の犯人なのか？
コンサートを前にリフレッシュするという怜子にコナンは同行するが、何者かによって怜子が狙撃され足を負傷してしまった。
そしてコンサート当日。
最終リハーサルを見学する蘭と園子（松井菜桜子）、コナンたち一行。
だが、調律師のハンス・ミュラー（Francis Pol）は朝から行方不明になっていた。
そして、ピアノの調律師として堂本とタッグを組んでいたホールの館長・譜和匠（依田英助）を探すコナンと怜子は、突然殴られ意識を失ってしまう。
本番前のホールでは、姿を消した怜子の代役として、千草らら（水谷優子）が出演するというアナウンスが流れていた。
その頃コナンたちは、運河に流されたボートの上で目を覚ましていた。
命の危険はないが、脱出するため、コナンと怜子はイチかバチかの賭けに出ることに。
その時、ホールの方向から大きな爆発音が聞こえてくる！
次々に起こる爆発。コンサートの出演者は、仲間たちは、そして蘭は無事なのか？
コナンは事件を解決し蘭を守るために、堂本ホールに決死の潜入をするのだが…。
果たして犯人は誰なんでしょうね。また、犯人の狙いも気になります・・・・
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